22 GODINE ZATVORA
Bio je načelnik regionalnog Centra službi bezbjednosti u Banjoj Luci dd 1991. godine. Od maja do jula 1992. godine, bio je član Kriznog štaba Autonomne regije Krajina (ARK), a 1994. postao je savjetnik predsjednika RS-a za unutrašnje poslove.
Stojana Župljanina Haški tribunal teretio je za genocid, zločin protiv čovječnosti i ratne zločine 1992. godine nad Bošnjacima i Hrvatima Bosanske krajine, odnosno tzv. Autonomne regije Krajina.
Prema optužnici, Župljanin je imao operativnu kontrolu nad općinskim i regionalnim policijskim snagama, uključujući i one koje su bile zadužene za logore.
Optužnica protiv njega podignuta je 1999. godine, a objavljena 2001. godine od kada je Župljanin bio u bjekstvu.
Uhapšen je 2008. godine u okolini Beograda. Nakon suđenja, 27. marta 2013. godine, Župljanin je nepravosnažno osuđen na 22 godine zatvora za počinjene ratne zločine. Kazna mu je potvrđena 2016.