OSLOBOĐEN OPTUŽBI, ULOŽENA ŽALBA
Bio je načelnik Resora državne bezbjednosti između 1991. i 1998. godine te je naoružao i komandirao srpskim paravojnim formacijama Crvene beretke, Arkanovi tigrovi, Škorpioni za vrijeme ratova u Hrvatskoj i Bosni i Hercegovini.
Haški tribunal je protiv Stanišića digao optužnicu u kojoj ga se tereti zbog sudjelovanja u kriminalnoj organizaciji koja je organizirala, naredila, izvršila ili na drugi način pomogla pogubljenja i protjerivanja Hrvata, bosanskih Muslimana, bosanskih Hrvata i drugih nesrba s područja takozvane Republike Srpske Krajine.
Uhapšen je zajedno sa Frankom Simatovićem u policijskoj operaciji "Sablja" 2003. godine, i isporučen u Hag. 2007. Sud je presudi protiv Milana Martića utvrdio da su Simatović i Stanišić bili dio udruženog zločinačkog poduhvata.
Međutim, jednom kada su se sami Stanišić i Simatović našli na suđenju, pretresno vijeće, kojim je predsjedavao Alphons Orie, oslobodilo ih je krivnje 2013. Mjesec dana nakon presude, tužitelji Haškog tribunala su uložili žalbu na prvostepenu presudu.
Žalbeno vijeće Haškog tribunala naredilo je 15. decembra 2015. da se Stanišiću i Simatoviću ponovno sudi po svim tačkama optužnice za ratne zločine počinjene na području Hrvatske i BiH, zbog sudskih grešaka.